心理咨询师证书的颁发机构因国家和地区而异，但大多数证书都是由专业的心理学或心理咨询机构颁发的，心理咨询师证书主要由以下几个部门颁发：

1、中国心理卫生协会(CPA):中国心理卫生协会是一个专业性、学术性和群众性相结合的全国性社会团体，其宗旨是促进心理卫生事业的发展，根据《中华人民共和国职业分类大典》，心理咨询师属于专业技术人员类别，中国心理卫生协会有权颁发心理咨询师资格证书。

2、各省、自治区、直辖市心理学会：各省、自治区、直辖市心理学会通常也会设立心理咨询师专业委员会，负责本地区的心理咨询师培训和认证工作，这些专业委员会可以颁发地方性的心理咨询师证书，但其权威性和认可度相对较低。

3、国际组织和跨国公司：一些国际组织和跨国公司也会提供心理咨询师培训课程和认证项目，如美国心理学会(APA)、欧洲心理学会(EEC)等，这些组织的证书在国际上具有一定的权威性和认可度，但在中国境内的认可度较低。

4、社会培训机构：除了上述正规的颁发机构外，还有一些社会培训机构也提供心理咨询师培训课程和认证服务，这些机构的证书往往缺乏权威性和认可度，不建议追求。

5、高校和研究机构：部分高校和研究机构也会开设心理咨询相关的课程和研究项目，学生在完成相关课程和实践后，可以获得学校颁发的心理咨询师证书，这种证书在学术界具有一定的地位，但在实际应用中可能不太被业界接受。

心理咨询师证书的颁发机构有很多种，但在选择时应以权威性、认可度为主要考虑因素，对于初学者来说，建议选择中国心理卫生协会或各省、自治区、直辖市心理学会颁发的证书，这些证书具有较高的权威性和认可度，对于有一定经验和实力的专业人士来说，可以考虑获取国际组织和跨国公司颁发的证书，以提升自己的专业素养和国际竞争力。