1、国家人力资源和社会保障部(原劳动和社会保障部):作为国家级政府部门，人力资源和社会保障部负责制定心理咨询师职业标准、职业技能培训和考核认证等方面的政策，心理咨询师证书的颁发工作主要由该部门负责，考试合格后，考生可以向人力资源和社会保障部申请颁发心理咨询师资格证书。

2、各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局):在国家人力资源和社会保障部的指导下，各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)负责本地区心理咨询师证书的发放和管理，考生在所在省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)报名参加心理咨询师考试并通过后，可以向该部门申请领取心理咨询师证书。

3、国家卫生健康委员会：作为卫生健康领域的主管部门，国家卫生健康委员会负责制定心理健康政策、标准和规范，推动心理健康事业的发展，在心理咨询师培训和考核过程中，国家卫生健康委员会会对相关培训机构和考试机构进行监督和指导。

4、中国心理卫生协会：作为全国性的心理卫生专业组织，中国心理卫生协会负责组织和协调心理咨询师的培训、考核和认证工作，考生可以通过参加中国心理卫生协会组织的心理咨询师培训课程和考试，获得心理咨询师证书。

5、其他相关部门：除了以上几个主要部门外，还有一些其他相关部门也参与到心理咨询师证书的发放和管理中，教育部门可能会对从事心理咨询工作的教师进行培训和考核；公安部门可能会对从事心理咨询工作的警察进行培训和考核；企业单位可能会设立专门的心理咨询室，对员工进行心理健康培训和咨询等。

心理咨询师证书的发放涉及到多个部门的协同合作，包括国家人力资源和社会保障部、各省、自治区、直辖市人力资源社会保障厅(局)、国家卫生健康委员会、中国心理卫生协会以及其他相关部门，这些部门共同推动心理咨询师职业的发展，为广大人民群众提供专业、高效的心理健康服务。