心理咨询师证书是由国家相关部门发放的，用于证明持证人具备从事心理咨询工作的能力和资格，心理咨询师证书的发放主要由以下几个部门负责：

1、中国心理学会：中国心理学会是中国心理学领域最高学术机构和全国性社会团体，负责组织心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过中国心理学会组织的心理咨询师资格考试，可以获得心理咨询师资格证书。

2、国家卫生健康委员会：国家卫生健康委员会是中国政府主管卫生和健康工作的部门，负责制定和实施心理健康政策，国家卫生健康委员会下属的心理卫生中心，也承担着心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过国家卫生健康委员会心理卫生中心组织的心理咨询师资格考试，也可以获得心理咨询师资格证书。

3、地方卫生健康部门：在各省、自治区、直辖市，卫生健康部门也负责组织心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过地方卫生健康部门组织的心理咨询师资格考试，同样可以获得心理咨询师资格证书。

4、专业培训机构：除了上述政府部门，还有一些专业的心理咨询师培训机构，如心理学院校、心理咨询师培训机构等，也会组织心理咨询师的培训、考试和认证工作，通过这些专业培训机构组织的心理咨询师资格考试，也可以获得心理咨询师资格证书。

需要注意的是，不同部门组织的心理咨询师资格考试，其考试内容、标准和认证要求可能会有所不同，在选择参加心理咨询师资格考试时，建议了解清楚各个部门的具体要求，选择适合自己的考试途径。

获得心理咨询师资格证书后，还需要定期参加继续教育，以更新知识和技能，保持职业素养，心理咨询师的继续教育主要由中国心理学会、国家卫生健康委员会心理卫生中心等部门负责组织。

心理咨询师证书的发放涉及多个部门，包括中国心理学会、国家卫生健康委员会、地方卫生健康部门以及专业培训机构等，通过这些部门组织的心理咨询师资格考试，可以获得心理咨询师资格证书，获得证书后还需要参加继续教育，以保持职业素养。