高级营养师资格证的发放主要由国家卫生健康委员会负责，各级卫生健康行政部门、人力资源和社会保障部门、教育部门等共同参与，具体的发证机构可能因地区而异，通常包括以下几个层次：

1、省级卫生健康行政部门：在各省、自治区、直辖市设立卫生健康委员会，负责本行政区域内的高级营养师资格证的发放和管理，省级卫生健康委员会会根据国家卫生健康委员会的统一要求，对本省申请高级营养师资格证的人员进行审核和评估。

2、市级卫生健康行政部门：在地级市、自治州设立卫生健康委员会，负责本行政区域内的高级营养师资格证的发放和管理，市级卫生健康委员会会根据省级卫生健康委员会的统一要求，对本市申请高级营养师资格证的人员进行审核和评估。

3、县级卫生健康行政部门：在县、自治县、市辖区设立卫生健康委员会，负责本行政区域内的高级营养师资格证的发放和管理，县级卫生健康委员会会根据市级卫生健康委员会的统一要求，对本县申请高级营养师资格证的人员进行审核和评估。

4、人力资源社会保障部门：人力资源和社会保障部门负责对申请高级营养师资格证的人员进行职业资格证书的发放和管理，在申请高级营养师资格证的过程中，申请人需要提交相关材料，经人力资源社会保障部门审核通过后，方可获得高级营养师资格证。

5、教育部门：教育部门负责对申请高级营养师资格证的人员进行学历证书的发放和管理，在申请高级营养师资格证的过程中，申请人需要具备相应的学历背景，经教育部门审核通过后，方可获得高级营养师资格证。

6、国家卫生健康委员会：作为最高级别的发证机构，国家卫生健康委员会负责对全国范围内的高级营养师资格证进行统一管理和监督，国家卫生健康委员会会定期对各省份、地市、县级的高级营养师资格证发放情况进行抽查和评估，确保高级营养师资格证的质量和权威性。

高级营养师资格证的发放涉及多个部门和层级，需要经过严格的审核和评估，申请人在申请过程中，务必遵循相关政策和规定，确保所获得的高级营养师资格证具有权威性和可靠性。