康复理疗师证发证机关是指负责颁发康复理疗师证书的政府部门或机构，康复理疗师证书是由国家卫生健康委员会颁发的，康复理疗师证发证机关就是国家卫生健康委员会。

填写康复理疗师证发证机关时，需要在申请表格中填写“证书颁发单位”或“发证机关”一栏，具体填写方法如下：

1、打开国家卫生健康委员会官方网站(http://www.nhc.gov.cn/),找到“政策法规”或“部门职责”等相关栏目，查找关于康复理疗师证书颁发的相关规定和要求。

2、在了解相关政策后，根据实际情况在申请表格中填写“证书颁发单位”或“发证机关”一栏，应填写国家卫生健康委员会的全称，即“国家卫生健康委员会”。

3、在填写完毕后，仔细核对所填写的信息是否准确无误，确保没有遗漏或错误。

4、将填写好的申请表格提交给相关部门进行审核。

需要注意的是，不同地区和机构可能会有不同的规定和要求，因此在填写康复理疗师证发证机关时，还需要结合当地的实际情况进行调整，为了确保证书的有效性和权威性，建议在申请康复理疗师证书时选择正规的培训机构和考试机构进行学习和考试。