在办理任何证书或手续时，都应遵循合法、正规的途径，如果某个证书被卫健委不承认，那么办理这个证书的过程可能存在问题，甚至可能是非法的，我们不建议尝试办理这样的证书。

如果您仍然想要了解如何办理理疗师证书，以下是一般的办理流程和注意事项：

1、了解相关政策和法规：在办理任何证书之前，都需要了解相关的政策和法规，理疗师证书的办理需要遵循国家卫生健康委员会（简称卫健委）的相关规定，您可以登录卫健委官方网站，查阅关于理疗师证书的相关政策和法规。

2、选择培训机构：根据卫健委的规定，理疗师证书的培训和考试需要在指定的培训机构进行，您可以通过卫健委官方网站查询到附近的培训机构，并了解其培训内容、费用等信息。

3、报名参加培训：在选择好培训机构后，您需要按照培训机构的要求，提交报名材料，完成报名手续，报名材料通常包括身份证复印件、学历证明、相关工作经历等。

4、参加培训：在报名成功后，您需要按照培训机构的安排，参加为期一定时间的培训，培训内容通常包括理疗学基础知识、实际操作技能等，在培训期间，您需要认真学习，积极参与实践操作，以便掌握理疗师所需的专业技能。

5、参加考试：培训结束后，您需要参加由卫健委组织的理疗师资格考试，考试通常分为理论考试和实操考试两部分，理论考试主要测试您对理疗学基础知识的掌握程度；实操考试主要测试您的实际操作技能，只有通过考试，您才能获得理疗师证书。

6、领取证书：在考试合格后，您需要按照培训机构的要求，提交相关材料，完成证书领取手续，领取证书后，您就可以正式从事理疗师工作了。

需要注意的是，理疗师证书的有效期通常为5年，在有效期内，您需要定期参加继续教育，以便更新知识和技能，理疗师证书的办理和培训费用可能会因地区、培训机构等因素而有所不同，您需要提前了解并做好准备。

办理理疗师证书需要遵循卫健委的相关规定，选择正规的培训机构，参加培训和考试，在此过程中，您需要认真学习，不断提高自己的专业技能，以便为患者提供更好的服务，您也需要关注卫健委的政策动态，以便及时了解理疗师证书的最新办理要求。